在印度，每个佛教寺庙都要求至少种植一棵菩提树。印度非常讲究菩提树的"血脉"，并以当年佛祖顿悟时的圣菩提树直系后代为尊。有种说法称，公元前3世纪，阿育王的妹妹砍下了圣菩提树的一棵树枝，将其带到了斯里兰卡并种植成活。后来位于菩提迦耶的圣菩提树在阿拉伯人入侵印度时被毁，斯里兰卡的菩提树便成了维系佛祖渊源的"唯一血脉"。时至今日，在印度佛教圣地所植的菩提树，包括佛祖打坐原址菩提迦耶的圣菩提树，全部由斯里兰卡的菩提树嫁接而来。

随着佛教传入中国，菩提树在中国也有深远的影响。唐朝初年，僧人神秀与其师兄慧能对话，写下诗句："身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，莫使惹尘埃。"慧能看后回写了一首："菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃。"这对师兄弟以物表意，借物论道的对话流传甚广，也使菩提树名声大振。

两千多年过去了，佛祖当年"成道"的那棵菩提树经受了无数风风雨雨，有着神话般的经历，在佛教界被公认为"大彻大悟"的象征。1954年印度前总理尼赫鲁来华访问，带来一株从这棵树上取下的枝条培育成的小树苗，赠送给中国领导人毛泽东主席和周恩来总理，以示中印两国人民的友谊。周总理将这棵代表友谊的菩提树苗转交给中国科学院北京植物园养护。植物园的领导和职工都十分重视，精心养护，使之生长茁壮，枝叶茂盛。每当有国内外高僧前来时，植物园的这棵菩提树都会受到高僧们的顶礼朝拜。这棵菩提树也成为中印两国人民友谊的象征。